В XVII веке в имении князя Юрия Алексеевича Долгорукова на речке Серебрянке появились пруды, получившие название Церковных и охватившие с трех сторон церковь Архангела Михаила. «Церковное место» в селе Никольское-Архангельское известно еще с XVI в. — село именовалось тогда «Ступишино, Зворыкино тож» и принадлежало древнему княжескому роду Турениных. В 1641 г. имение купил боярин В.И. Стрешнев. Князь Долгоруков приобрел село в 1651 г., а 1676-1677 гг. была построена новая деревянная церковь взамен обветшавшей. С этого времени село получает название Архангельского; Долгоруковы были владельцами его на протяжении десяти поколений, и в родовом их гербе на верхнем правом поле щита изображен Архистратиг Божий Михаил; род свой они вели от св. мученика Михаила, князя Черниговского (+1245).

Строителем ныне существующего храма стал правнук князя Юрия Алексеевича, князь Александр Владимирович Долгоруков: в 1748 г. он обратился с прошением в Московскую духовную консисторию за разрешением построить в своем имении новую каменную церковь. Проект предусматривал двухэтажный храм с престолами в честь Архистратига Михаила на верхнем этаже и святителя Николая Чудотворца на нижнем, а также четыре придела: на нижнем этаже — в честь пророков Илии и Софонии; на верхнем — в честь преп. Александра Свирского и св. мучеников Флора и Лавра.

Новая каменная церковь расположилась неподалеку от старой, которая простояла до 1770 г. пока не погибла от пожара. За десять лет до того, в 1660 г., огонь не пощадил и другую деревянную церковь в честь святителя Николая Чудотворца в соседнем селе Никольском. Поэтому в 1767 г. приход села Никольского был соединен с Архангельским приходом и стал именоваться Никольским-Архангельским. Строительство шло долго; к 1773 г. возведение новой каменной церкви с колокольней было почти окончено, и Московская Синодальная контора дозволила освятить полностью готовую нижнюю церковь в честь святителя Николая Чудотворца с приделами в честь пророков Илии и Софонии. Верхнюю, Архангельскую церковь, предполагалось открыть позднее — «когда будет готова к освящению».

Однако из-за просчетов при проектировании и строительстве нового церковного здания в 1789 г. боковые приделы пришлось разобрать. После реконструкции в храме остались только два освященных престола: главный — в верхней церкви, летней — в честь Архангела Михаила; и в нижней церкви (теплой) — в честь святителя Николая.

Храм, выстроенный в стиле московского барокко, кирпичный с белокаменными вставками, оштукатурен; по архитектурной композиции он трехчастный: центральная часть — «восьмерик на четверике» — поставлена на высоком подклете нижнего храма (Никольского); наверх ведут лестницы, расположенные по обе стороны невысокой трехъярусной колокольни. Архитектурных памятников такого типа на Московской земле не сохранилось, и Николо-Архангельскую церковь считают в своем роде уникальной. Стены и своды в интерьере храма украшены богатой лепниной и расписаны. В пятиярусном иконостасе — иконы, относящиеся к времени постройки храма.

Во время Отечественной войны 1812 г. через Николо—Архангельское проходили французы, но храм не тронули. Не повредила храм и буря безбожного лихолетья — в сохранности осталась даже церковная утварь; в своем первозданном великолепии сохранился он до наших дней. Не пострадали ни внутреннее убранство храма, ни бесценные древние «намоленные» иконы. Хорош храм особенно в период весеннего разлива, когда, окруженный со всех сторон водой, высится он, словно корабль спасения, созывая под свои своды народ православный.

Долгие годы (1878-1926) настоятелем Николо-Архангельской церкви был протоиерей Михаил Лебедев. Закончив Московскую Духовную семинарию, он два года преподавал в Коломенском городском училище, а затем был надзирателем Заиконоспасского училища, а в 1878 г. был рукоположен в священный сан викарием Московской епархии епископом Дмитровским Амвросием (Ключаревым, +1901) и определен к Николо-Архангельскому храму. Преподавал Закон Божий в фабричной школе Товарищества Реутовской мануфактуры, Кучинского земского училища, Реутовского фабричного училища. В сан протоиерея он был возведен на Пасху 1919 г. святителем Тихоном. В нелегкие двадцатые годы не оставлял он своего служения; последние данные о нем (он значится в списках «лишенцев») относятся к 1926 г. В области духовного просвещения усердно трудились и другие клирики Николо-Архангельского храма. Священнику Евгению Архангельскому, служившему в храме в начале ХХ века, была за труды по народному образованию Высочайше пожалована серебряная медаль с надписью «За усердие» для ношения на груди на Александровской ленте. В те же годы служил в храме и священник Адриан Ключарев; он законоучительствовал в Реутовском Министерском училище и Архангельском-Никольском земском училище. Помогала ему и матушка (хотя в семье у них было семеро детей) — она была учительницей в Клоковской церковно-приходской школе.
С 1935 по 1937 год настоятелем Николо-Архангелского храма был священномученик Алексий (Смирнов), который был расстрелян на Бутовском полигоне 22 марта 1938 года. Определением Священного Синода от 6 октября 2001 года имя священномученика Алексия (Смирнова) включено в Собор новомучеников Церкви Русской.
Утренние и вечерние богослужения в храме совершаются ежедневно. Информация о Николо-Архангельском храме отражается на официальном сайте прихода: http://николо-архангельский.рус/, а также в социальных сетях. Настоятель храма священник Михаил Куземка возглавляет Епархиальный отдел по тюремному служению.

При храме работает воскресная школа, в которой преподают священнослужители храма и профессиональные педагоги. В школе организованы занятия по изучению Ветхого и Нового Завета. В рамках общего учебного расписания проходят уроки по церковнославянскому языку, основам христианской нравственности, истории Церкви, агиографии (жития святых).

Для желающих принять Таинства Венчания, Крещения, а также для крестных и родителей по субботам в 13.00 в храме проводятся огласительные беседы.